東山禪寺的前身是「屏東佛教臨濟宗佈教所」，於民國十三年由屏東街市之臨濟宗派信者共同捐資興建，並署「紫雲山」。聘請日僧東海宜誠為第一任主任，西元一九二八年改聘詮淨法師為第二屆主任。西元一九二九年因該寺位於半屏山之東，並取六祖慧能大師開東山法門之義，眾議更名為「東山禪寺」。
民國三十四年台灣光復後，禮請於大崗山龍湖庵依心安上人出家之圓融上人為光復後首任住持。當時龍湖庵因日軍徵用駐紮，僧俗二眾被驅下山而分散於白河大仙寺及新超峰寺，圓融上人則移住大仙寺。
上人他到東山禪寺後，樹立清規，分設職位，一切事物均按佛門叢林制度推行。繼之他又開始了硬體建設，他先重建兩側寮房，以改善常住居住環境，寮房寬暢，間數亦多，能夠安僧百餘人。接而重建大雄寶殿，完成之後，莊嚴雄偉，繼之美化環境，至此東山禪寺成為一處清淨莊嚴的道場，並成為鯤南第一座花園佛寺。
民國四十五年開傳三壇大戒，後來上人為培育更多佛教女子人才，民國五十二年而創辦了三年制「東山佛學院」，聘請道源長老為院長，第一屆畢業生有八十餘名。由第二屆起，院長一職由真華、道安長老繼任
民國四十年在圓融法師百般奔忙，與陳恭炎居士從旁協助下，成立屏東縣佛教支會，並於縣政府立案，其立案證書字第號40.3.屏民社字七十號。圓融法師宏法濟眾，創學興教下，屏東佛教大興，歷次當選屏東縣佛教支會理事長直至圓寂。
東山禪寺由於早期受日僧東海宜誠領導，及日本臨濟宗妙心寺派之授課指導，所以當時東山禪寺的僧尼水準相當整齊，加上光復後圓融上人之積極宏法利生，使得東山禪寺全寺尼眾化，並認真誠懇地禮請高僧大德來寺講經，幾乎天天上課，如斌宗老法師、道源老法師、樂果老和尚及濟濤老和尚、方倫居士、雪廬老人李炳南居士等等，結果成績卓著，變成戰後主要「尼眾道場」之一。
在東山佛學院第二屆學生入學後，圓融法師又推動了安樂塔興建工程，但未完成，法師已於五十八年圓寂。接而由徒眾天禪法師代理住持繼續領導，而於民國五十九年終於完成美崙美奐之七層浮屠---安樂塔，塔頂安置章嘉活佛及圓融法師之舍利，每層皆有政府首要及社會名人，題詞與選贈對聯。民國六十年由高徒天機法師晉山住持，並接任佛學院副院長，院長為道安長老。
天機法師秉持師志，於民國六十一年開傳第二次三壇大戒，七十年動工鳩建殿堂房舍，且開闢寺前道路並重建山門。七十一年創辦東山幼稚園並興建圓融圖書館。先後宏建寶蓮禪寺、揚善講堂、承得復建「報恩小築」後改名為淨因寺、復興潮州華嚴禪院、創彰化淨圓精舍、又建高雄圓融講堂、創建佛陀舍利殿即萬巒圓融禪寺，民國九十一年建圓融安養院於枋寮。海外部份則有美國、加拿大圓融禪寺之創建。文教社會福利方面則於民國八十四年創辦圓融雜誌，成立圓融文教基金會、圓融慈悲喜捨協會、圓融社會福利慈善基金會。三十餘年來在天機法師睿智領導下，落實了諸多卓越宏法工作，使得東山禪寺成為城市中的一塊美麗淨土。
